•  Anche quando già era coperto il selciato della piazza  in alcuni punti 

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Attualmente la quota pavimentale della cripta marciana è posta a –19 cm sul medio mare.

Verso la fine del XVI secolo, continuamente invasa dall'acqua, la cripta venne abbandonata, murandone gli accessi; in quell’occasione le reliquie dell'Evangelista vennero traslate nel soprastante altar maggiore.

Nel 1867 venne compiuto un primo intervento mirato a contrastare le infiltrazioni d’acqua che provenivano essenzialmente dal sottosuolo, mediante la formazione di un solettone di calcestruzzo legato con il cemento portland (allora una novità). La pavimentazione marmorea venne rinnovata, le pareti foderate di marmo e formata una linea di panchine lungo il perimetro murario.

Intorno al 1890 vennero realizzati altri lavori dal proto Pietro Saccardo, da lui descritti alle pagine 24 e 25 nella sua pubblicazione relativa al tema.

A cavallo degli anni ‘80 e ‘90 del secolo scorso, infine, Ettore Vio realizzò l’impermeabilizzazione delle pareti, intervento al quale è dedicato una pubblicazione in due volumi: San Marco. La cripta, la storia, la conservazione. Milano, Vallardi 1992.